Beneficjentom, którzy nie złożą wniosku o płatność w terminie bądź na odpowiednią kwotę, naliczane są odsetki jak dla zaległości podatkowych. Beneficjent, który nie zgadza się na ich naliczenie, może odwołać się do Instytucji Zarządzającej PO KL.
Zaliczki w projektach
Większość projektów współfinansowanych ze środków europejskich jest realizowana w systemie zaliczkowym. Regułą jest, że dofinansowanie w takiej formie przekazywane jest na realizację projektów szkoleniowych z Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki współfinansowanego z Europejskiego Funduszu Społecznego (EFS). W projektach inwestycyjnych, gdzie występuje już inny fundusz strukturalny, tj. Europejski Fundusz Rozwoju Regionalnego (EFRR), zaliczki na realizację mogą wystąpić, ale wcale nie muszą. Decyduje o tym podmiot odpowiedzialny za wdrożenie danego działania programu operacyjnego na lata 2007-2013 oraz wnioskodawca.
Beneficjent, który zwróci odsetki przed wydaniem decyzji administracyjnej, nie może skorzystać z drogi odwoławczej.
Bez względu na to, z jakim projektem mamy do czynienia, tj. współfinansowanym z EFS czy też EFRR, obowiązuje taka sama zasada rozliczania zaliczek, gdy dofinansowanie ma być przyznane w kilku transzach. Mianowicie wypłata drugiej i kolejnych transz jest uzależniona od rozliczenia określonej w umowie o dofinansowanie części, nie niższej jednak niż 70%, dotychczas otrzymanej zaliczki. Stanowi o tym rozporządzenie Ministra Rozwoju Regionalnego w sprawie warunków i trybu udzielania i rozliczania zaliczek oraz zakresu i terminów składania wniosków o płatność w ramach programów finansowanych z udziałem środków europejskich (Dz. U. z 2009 r. nr 223, poz. 1786). Beneficjent, który nie rozliczył zgodnie ze wskazanym rozwiązaniem transzy zaliczki, ponosi tego konsekwencje.
Odsetki od nierozliczonych środków
W przypadku niezłożenia wniosku o płatność na kwotę lub w terminie określonym przez beneficjenta w zaakceptowanym harmonogramie płatności (co do zasady nie dłuższym niż 3 miesiące), od środków pozostałych do rozliczenia naliczane są odsetki jak dla zaległości podatkowych. Są one naliczone od dnia przekazania środków do dnia złożenia wniosku o płatność. Wynika to z art. 189 ust. 3 ustawy o finansach publicznych (Dz. U. z 2009 r. nr 157, poz. 1240 ze zm.) - UFP. Nie określa ona co należy rozumieć za dzień przekazania środków. Biorąc jednak pod uwagę system dystrybucji środków europejskich należy przyjąć, że jest to dzień wypłaty środków przez właściwe instytucje na rzecz beneficjenta, czyli dzień obciążenia rachunku bankowego instytucji wypłacającej środki dla realizatora projektu.
Natomiast za złożenie wniosku o płatność do właściwej Instytucji Pośredniczącej/Instytucji Wdrażającej należy uznać termin nadania tego dokumentu w placówce pocztowej operatora publicznego. Jeśli termin złożenia wniosku o płatność przypadnie w dzień wolny od pracy, uznaje się że jest złożony terminowo, gdy zostanie nadany w pierwszym dniu roboczym przypadającym po dniu wolnym od pracy.
Odmowa zwrotu
Informacje na temat konieczności naliczania odsetek na podstawie art. 189 ust. 3 UFP i ich wysokości są przekazywane beneficjentowi w informacji o wynikach weryfikacji wniosku o płatność zatwierdzającej dany wniosek. Oczywiście beneficjent ma prawo zakwestionować zasadność ich naliczenia i odmówić ich zwrotu. W takim przypadku Instytucja Pośrednicząca/Instytucja Wdrażająca powinna wydać decyzję, o której mowa w art. 61 UFP, uzasadniającą fakt naliczenia odsetek. Od tej decyzji beneficjentowi przysługuje prawo odwołania się do Instytucji Zarządzającej PO KL (do Ministra Rozwoju Regionalnego). Postępowanie administracyjne prowadzone jest w takim przypadku na podstawie K.p.a. Zatem, jeśli beneficjent zwróci odsetki jeszcze przed wydaniem decyzji administracyjnej, mimo że kwestionuje zasadność ich naliczenia - zostaje pozbawiony drogi odwoławczej.
Zawsze bez odsetek
Istnieje pewna grupa beneficjentów, co do których nie będą stosowane regulacje odnoszące się do naliczania odsetek w przypadku nieterminowego złożenia wniosku o płatność czy nieprawidłowego rozliczenia transzy dofinansowania. Tak będzie w przypadku projektów realizowanych przez państwowe jednostki budżetowe i powiatowe urzędy pracy w ramach projektów systemowych realizowanych w zakresie poddziałania 6.1.3 PO KL. Odsetki nie będą też naliczane w odniesieniu do podmiotów zaangażowanych w realizację projektu niebędących beneficjentami, nawet jeśli otrzymają zaliczkę, w szczególności partnerów projektów.