W świetle obowiązujących przepisów wszyscy czynni podatnicy VAT prowadzący ewidencję, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy o VAT przy użyciu programów komputerowych zobowiązani są do przekazywania JPK_VAT.
Ponadto, stosownie do art. 193a § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. - Ordynacja podatkowa (Dz. U. z 2018 r. poz. 800 ze zm.) przedsiębiorcy, którzy prowadzą księgi podatkowe przy użyciu programu komputerowego, muszą na żądanie organu podatkowego przekazać całość lub część ksiąg podatkowych oraz dowodów księgowych w postaci elektronicznego pliku o określonym formacie i strukturze. Od 1 lipca 2018 r. obowiązkiem przekazywania - na żądanie organu podatkowego - pozostałych struktur JPK (m.in. JPK_FA) zostali objęci wszyscy podatnicy, którzy prowadzą księgi podatkowe w formie elektronicznej. Przypomnijmy, iż do 30 czerwca br. obowiązek ten dotyczył dużych przedsiębiorców.
Z wyjaśnienia Ministerstwa Finansów zamieszczonego na stronie internetowej www.mf.gov.pl/ministerstwo-finansow/dla-mediow/wywiady/eksperci-mf wynika, że dla obowiązku przekazywania pozostałych struktur JPK na żądanie kluczowe jest kryterium prowadzenia ksiąg podatkowych papierowo lub elektronicznie. Zdaniem MF jeżeli podatnik prowadzi księgi podatkowe papierowo, to nie będzie musiał tworzyć JPK_FA ani innych struktur (np. obrotu magazynowego JPK_MAG) na żądanie organu podatkowego. W takich sytuacjach, jak podkreślono, podczas kontroli organy podatkowe będą żądały jedynie dokumentów papierowych.
Z dalszych wyjaśnień wynika, że:
Ministerstwo Finansów nadmieniło również, iż nie planuje w przyszłości zobowiązać podatników do prowadzenia ksiąg podatkowych w formie elektronicznej lub do wystawiania wyłącznie e-faktur, choć jak wskazano: "(...) w XXI wieku naturalne jest zastępowanie form papierowych dokumentami elektronicznymi. (...)".